Čini se da je kafa dobra za jetru, posebno jer štiti od problema poput bolesti masne jetre. U jednom istraživanju se navodi da dnevni unos kafe može pomoći u smanjenju rizika od hroničnih bolesti ovog organa. Također može zaštititi jetru od štetnih stanja, poput raka. Istraživanje iz 2014, koje je objavljeno u časopisu Clinical Gastroenterology sugeriše da zaštitni učinci kafe nastaju zbog toga kako utječe na jetrene enzime. Kafa povećava i zaštitne antioksidante u jetri, te tako zaustavlja nakupljanje masti na jetri. Spojevi u kafi također pomažu jetrenim enzimima da očiste tijelo od tvari koje izazivaju rak.