Probavne smetnje su najčešći pokazatelj odnosno simptom intolerancije na određenu hranu. Karakterišu ga nadutost, vjetrovi, zatvor ili proljev. Obično razlog takvog stanja leži unutar poremećaja ravnoteže bakterija ključnih za probavu. Zbog toga, svako bi trebao sam testirati svoj organizam na pojedine namirnice ukoliko zaključi da nakon obroka osjeti jedan od pomenutih efekata.